Folding@home

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Posted by RedSend | Filed under Varie

Ricordate il progetto di calcolo distribuito SETI@home? Questo nasce con la stessa idea. Milioni di calcolatori che collaborano per l’elaborazione di informazioni, in questo caso proteine, mediante algoritmi che richiedono una grande quantità di cicli di CPU. L’obbiettivo principale del progetto è quello di capire come si avvolgono ed aggregano le proteine e come possono insorgere alcune gravi malattie.

Cosa sono le proteine e perchà© si avvolgono? Le proteine sono la base della biologia, queste molecole sono vere e proprie macchine miniaturizzate. Al fine di espletare una specifica funzione biochimica esse si avvolgono. Tale processo di aggregazione, benchà© fondamentale in tutta la biologia, rimane ancora un mistero per la scienza umana. Come ben sappiamo, quando questi avvolgimenti non si formano nella giusta maniera possono produrre effetti nefasti a livello organico attraverso malattie quali Alzheimer, mucca pazza (BSE), CJD, ALS, Huntington e Parkinson.

Cosa fa Folding@Home? Folding@Home è un progetto computazionale distribuito per lo studio degli avvolgimenti, delle dissociazioni ed aggregazioni delle proteine e delle loro relative incidenze sulle malattie. Vengono usati algoritmi computazionali avanzati diffusi su larga scala per simulare comportamenti biochimici delle proteine calcolati su tempi migliaia di volte più estesi di quelli considerati in passato. Questo ci ha consentito di simulare la concatenzazione delle proteine per la prima volta e adesso ci permette di studiare le malattie legate alle mutazioni in questo processo biologico fondamentale

Per contribuire al progetto basta scaricare il software dal sito http://folding.stanford.edu/ oppure cercare nel repository della vostra distro, in gentoo emerge -av foldingathome.

Le FAQ presenti sul sito risultano molto utili per capire al meglio i vari aspetti di questo progetto, di seguito riporto alcune delle domande presenti all’interno del documento:

Chi “possiede” i risultati? Dove vanno a finire i risultati? A differenza di altri progetti di calcolo distribuito, Folding@Home viene portato avanti da un’istituzione accademica,il Pande Group del dipartimento di Chimica della Stanford University, che è un’istituzione senza scopo di lucro dedicata alla ricerca scientifica e all’istruzione.Noi non venderemo i dati e non trarremo alcun profitto economico da essi.
Inoltre, renderemo i dati disponibili affinchè altri li utilizzino. In particolare, i risultati del Folding@Home saranno resi disponibili a vari livelli. L’analisi delle simulazioni sarà mandata a riviste scientifiche per la pubblicazione, e questi articoli saranno poi disponibili sul web (dopo la pubblicazione sulle riviste). In seguito (dopo la pubblicazione di questi articoli scientifici che consistono nell’analisi dei dati), i dati saranno disponibili per chiunque, inclusi altri ricercatori, su questo sito web.

Perchà© non rendete pubblico il codice sorgente? Gran parte delle componenti critiche di FAH sono disponibili per tutti. I codici sorgenti di Tinker e Gromacs possono essere scaricati e utilizzati. A differenza di molti altri progetti, il nostro interesse predominante non è la funzionalità , ma l’integrità scientifica dei dati. Distribuire il codice sorgente in una maniera che consentirebbe alle persone di modificarlo per produrre falsi dati scientifici renderebbe l’intero progetto inutile.
Perchà© non usare direttamente un supercomputer ? I moderni supercomputer sono essenzialmente cluster (”gruppi”) di centinaia di processori collegati da una rete ad alta velocità . La velocità di questi processori è comparabile (e spesso è anche minore) a quelli dei PC! Perciò, se un algoritmo (come il nostro) non necessita di una rete ad alta velocità , andrà veloce in un supercluster esattamente come in un supercomputer. Tuttavia, il nostro programma non necessita di centinaia di processori (altrimenti sarebbe sufficiente uno dei moderni supercomputer!), ma di centinana di migliaia di processori. I calcoli del Folding@Home non sarebbero ottenibili con altri mezzi! Inoltre, anche se ci fosse permesso l’accesso esclusivo a tutti i supercomputer presenti nel mondo, avremmo meno cicli di quanto facciamo con il cluster di Folding@Home! Ciò è possibile perchà© ora i processori dei Personal Computer sono molto veloci e perchà© nel mondo ci sono centinaia di milioni di PC inattivi.

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